沙原衣原体容易感染男性生殖系统，如尿道、前列腺等，严重还易蔓延至精囊、睾丸、附睾等位置。如果感染尿道，表现为尿道烧灼感、尿道瘙痒刺痛、尿频、尿急、尿道口流出淡黄色分泌物等症状。若感染精囊，甚至还会出现血精症状。如果感染睾丸以及附睾，通常会引起睾丸疼痛、肿大等症状。