卵巢囊肿疼痛原因可能与以下因素有关：第一、囊肿继发感染，所以会引起疼痛。第二、囊肿体积较大，对周围神经牵拉而导致。第三、如果疼痛剧烈，考虑是卵巢囊肿扭转引起。第四、多数卵巢囊肿壁较薄，如果发生破裂现象，易出现剧烈腹痛等不适症状。