小腹痛有褐色分泌物，如果是因为大便中有褐色分泌物，要考虑患者存在肠道器质性病变可能性。比如溃疡性结肠炎、克罗恩病以及结肠恶性肿瘤、肠伤寒等。需要尽早的完善腹部影像学检查、大便常规检测，必要时还需要组织病理学活检。可以使用抗感染以及抗炎药物进行治疗，必要时可能需要手术治疗。